Удаление НЗ JMS-агента по durable очередям означает, что больше нет необходимости накапливать JMS-сообщения с данными для него на стороне брокера. Для этого необходимо снять durable подписку методом JMSContext#unsubscribe(name), где name - имя подписки, равное идентификатору НЗ.
МА должен отключить запуск по данной НЗ и направить сигнал на остановку НЗ всем серверам пула. После получения подтверждения об остановке НЗ на всех серверах, вызвать JMSContext#unsubscribe()